Κατά τον Ησίοδο (Θεογονία 276-282), ο Πήγασος ήταν καρπός της ένωσης του Ποσειδώνα με τη Γοργώ Μέδουσα και ξεπήδησε από τον λαιμό της όταν την αποκεφάλισε ο Περσέας με τη συνδρομή της Αθηνάς. Κατά μια άλλη μαρτυρία, ο Πήγασος γεννήθηκε από το αίμα που έπεσε στη θάλασσα. Τότε ο Περσέας ιππεύοντας αυτόν κατάφερε να διαφύγει τη καταδίωξη των άλλων δύο γοργόνων, αδελφών της Μέδουσας ή, με την πιο συνηθισμένη μορφή του μύθου, με τα φτερωτά σανδάλια του.
Γόνος, λοιπόν, του θεού των υδάτων ο Πήγασος, επόμενο ήταν και το όνομά του να παραπέμπει στο υγρό στοιχείο, στην πηγή, αφού μάλιστα γεννήθηκε κοντά στις πηγές του Ωκεανού, του μυθικού ποταμού που περιβάλλει τον κόσμο (Θεογονία 281-283).
Ένας άλλος μύθος παραδίδει πως η Iπποκρήνη, μια πηγή στην κορυφή του Eλικώνα της Bοιωτίας από την οποία αντλούσαν οι Eλικωνιάδες Nύμφες την έμπνευσή τους, ανέβλυσε όταν ο Πήγασος χτύπησε με την οπλή του τον βράχο.
Όταν οι Μούσες διαγωνίζονταν κάποτε στο τραγούδι με τις κόρες του Πιέρου, στον ποταμό Ελικώνα, μόλις άρχισαν το τραγούδι οι Πιέριες κόρες όλα είχαν σκοτεινιάσει. Αμέσως μετά, όταν ήλθε η σειρά των Μουσών, όλα φαίνονταν σαν να σταμάτησαν, ο Ουρανός, η Θάλασσα, τα ποτάμια, για να ακούσουν τους εξαίσιους ύμνους, ο δε Ελικώνας άρχιζε να υψώνει τη κορυφή του προς τον ουρανό από χαρά και υπερηφάνεια μέχρι που τον σταμάτησε ο φτερωτός Πήγασος, με διαταγή του Ποσειδώνα, λακτίζοντας τον με τις οπλές του. Από το λάκτισμα αυτό γεννήθηκε η πηγή του Ελικώνα, της οποίας τα νερά ενέπνεαν τις Μούσες, η καλούμενη και Ιπποκρήνη.